黄帝与阴阳家的关系，在许多古代文献中都有记载，例如《大戴礼记·虞戴德》与马王堆汉墓帛书《老子》乙本卷前古佚书《十大经·立命》中有关黄帝“明法于天明，开施教于民”、“吾类天大明”的类似记载，其大旨合于阴阳家学说。例如《吕氏春秋·序意》中关于黄帝诲颛顼之道的记载，说明《吕氏春秋》十二纪（所本即黄帝诲颛顼之道）与《礼记·月令》都是典型的阴阳家言。进一步考察阴阳家的源起，黄帝则可视为阴阳家之始祖。考察儒家思想的源流，儒家不仅承认黄帝为五帝之首，而且在思想上受到阴阳观念的很多影响。《汉书·艺文志》明确指出：“儒家者流，盖出于司徒之官，助人君顺阴阳，明教化者也。”战国、秦汉之际儒家的明堂阴阳说、受命改制说与三统说，都明显地受远绍黄帝的阴阳家的影响。另外，儒家学派的创始人孔子于晚年研究《周易》，并以阴阳思想解说《易》理，从而接触到黄帝，有“黄帝四辅”之言，这样，黄帝及阴阳思想便进入孔子的学说体系之中。到了汉代，董仲舒全面援引阴阳家学说，使之与儒家伦理进一步结合，构筑起一套阴阳五行化的儒学体系，并发展了与阴阳家法天则地思想相联系的天人合一、天人感应及据天道推衍人事的思维方式 （以上详见葛志毅《黄帝与黄帝之学》，载《炎黄文化研究》第3期）。汉代流行的邹衍终始五德说就是以黄帝为五德之始，以金、木、水、火、土五德传次相承，帝王更替，终而复始来表达其历史循环论的。对此，司马迁在《史记·三代世表》中也表示了谨慎的相信：“余读谍记，黄帝以来皆有年数。稽其历谱谍终始五德之传，古文咸不同，乖异。”司马贞《索隐》曰：“谓帝王更王，以金木水火土之五德传次相承，终而复始，故云终始五德之传也。”说明汉代阴阳五行家通过推论五德代兴，遂及帝王世次，而上溯到黄帝，所以有黄帝以来年数、历谱，使得当时学者遂以此为黄帝之道，造成了黄帝之学的繁荣。从著述上说，《汉书·艺文志》阴阳、五行类收“黄帝之书”有：《黄帝泰素》二十篇。注曰：“六国时韩诸公子所作。”师古曰：“刘向《别录》云：‘或言韩诸公孙之所作也。言阴阳五行，以为黄帝之道也，故曰《泰素》。’”以及《黄帝阴阳》二十五卷，《黄帝诸子论阴阳》二十五卷。

　　医学是一门保障人类自身生产和健康生活的基本生存技术，它从生活经验开始，逐步引发出一定的理论形态。夏曾佑《中国古代史》在总结医学发展的历史时曾指出：“案神农所创之医，为医之经验；黄帝所创之医，为医之原理，进化之级应如是也。”从药物学来看，《淮南子·修务训》说：“神农……尝百草之滋味，水泉之甘苦，令民知所避就，当此之时，一日而遇七十毒。”宋刘恕《通鉴外纪》亦有类似的记载：“民有疾病，未知药石，炎帝始味草木之滋，尝一日而遇七十毒。”这些材料都说明炎帝神农尝百草而了解物的药性。到黄帝时，这个过程尚未终结，皇甫谧在《帝王世纪》中曾指出：黄帝“使岐伯尝味百草、典医疗疾，令经方本草之书咸出焉。”不过，从黄帝开始对药理有了初步的理论总结。黄帝对炎帝部族的医药养生之术也予以高度关注。自战国时期开始，就有越来越丰富的关于黄帝学习养生、医学的记载，如《庄子》记载，黄帝曾到崆峒山（今甘肃平凉）问“养民人”、“官阴阳”之道，黄帝后来也被养生家当作他们学说的始祖。黄帝对于人类现实生命的高度关注，影响了后来中国文化的基本精神。

　　黄帝时期的医学经验被包含于后来成书的《黄帝内经》之中。从古至今，这个问题就一直存在着激烈的争论，大致有三种看法：第一种看法认为《黄帝内经》是黄帝和他的臣下所作；第二种看法认为《黄帝内经》与黄帝无关，其书为战国至秦汉间的医者所作；第三种看法认为《黄帝内经》虽然成书较晚，但其中确实包含有黄帝或黄帝时期的医学内容（徐仪明：《黄帝与〈黄帝内经〉》，载《炎黄文化研究》增刊第2期）。《黄帝内经》中的许多内容确实反映出黄帝时期的医学成就。黄帝时期，有了早期的文字，它为医学理论的传播提供了必要的条件。这些医学理论在传播中被补充、发展，就成了《黄帝内经》。据现代一些学者考证，古本《黄帝内经》十八卷，“其文字数量是非常有限的，约与18篇相等。也就是说，只能是今本《黄帝内经》的1/9左右”（廖育群：《岐黄医道》，辽宁教育出版社，1991年版，第54页）。在《黄帝内经》传抄流布过程中，也掺入了一些后人补撰的内容，并出现了多种不同传本。